El desarrollo del sector agrario en Puno se ve obstaculizado por la falta de fondos y la falta de organización.

Según el abogado Francisco Tipula, especialista en Derecho Agrario, la Dirección Regional Agraria de Puno, ahora convertida en Gerencia Regional Agraria, ha visto disminuir su capacidad de acción y funciones en los últimos años, debido a la falta de recursos para capacitación y transferencia tecnológica bajo la supervisión de Cofopri. El trabajo de las agencias agrarias se ha reducido a actividades como el alquiler de tractores en conjunto con los municipios, con proyectos como el de la quinua y las habas en Yunguyo y la inseminación de ganado vacuno en Taraco que no han tenido el impacto esperado debido a la falta de financiamiento y personal técnico. Problemas como la Sarcocistiosis en alpacas y la plaga de “Kcona Kcona” en los cultivos de quinua continúan sin resolverse, ya que su análisis y control requieren de recursos que el Estado no puede costear. La falta de apoyo de instituciones como INIA y la propia Dirección Regional Agraria, junto con la desorganización de los agricultores, contribuyen a mantener al sector agrario de la región en un estado de atraso.